「主語 + be動詞 + near ～」で「～の近くに（主語）があります、～の近くに（主語）がいます」という表現ができます。
by の意味が「～のそばに」ですから near とよく似ていますが、near の方がより広い範囲で用いられます。
この文の主語には、人名・地名のような固有名詞、また the や my・your などのついた特定の物事や人がきます。「Kenji is near the stage.(健二はステージの近くにいる。)」や「My house is near the library.(私の家は図書館の近くにある。)」などです。
不特定の物事・人について「Two men are near the stage.」や「A house is the library.」のようにいうと不自然な英語になるので、その場合は「主語 + be動詞 + near ～」の形ではなく、「There is ～」や「There are ～」を使うのが普通です。
Nagisa bookstore is near the hospital.
なぎさ書店は病院の近くにあります。
His house is near here.
彼の家はこの近くにある。
Our school is near the library.
私たちの学校は図書館の近くにある。
Is your apartment near the station?
あなたのアパートは駅の近くにあるのですか。
Lily's office is near City Hall.
リリーのオフィスは市役所の近くだ。
The boy was near the fire.
その少年は火の近くにいた。
My favorite cherry tree is near the temple.
私の一番好きな桜の木は、寺の近くにあります。
Those dogs were near the park yesterday.
あの犬たちは昨日、公園の近くにいたよ。