in は最もよく使う前置詞の1つです。場所を表して「～の中に」という表現が一番よく使われるかと思います。箱の中などのいかにも in なイメージならわかりやすいのですが、建物や地名などの前置詞としては at との使い分けに苦労するものです。必ずしも「この単語にはこれ！」と決まっているわけでなく、状況や人のとらえ方によって in か at かを使い分けることになります。
時を表して「～に」という使い方もありますが、この場合は in と at と on の3つの前置詞を使い分けなければいけません。時刻など、時の一点と感じるものには at を、日付には on を、月、年、季節などの比較的長い期間には in を使います。
in はほかにも「（状況）の中で」「（時間）がたてば」などの使い方もあります。
What's in the box.
箱の中に何が入っているのですか。
She has a book in her hand.
彼女は手に本を持っている。
He is staying in New York.
彼はニューヨークに滞在中である。
We walked in the rain.
私たちは雨の中を歩いた。
He was born in May in 1975.
彼は1975年の5月に生まれた。
My father is in the hospital now.
父は今、入院しています。
We have four classes in the morning.
私たちは午前中に4コマ授業がある。
It's hot in simmer here.
ここの夏は暑い。
I read the book in two days.
私はその本を2日で読んだ。
I'll be back in a few minutes.
すぐに戻ります。
I'm always in good health.
私はいつも元気です。
I don't like the man in the red tie.
私は赤いネクタイをしたあの人が嫌いです。
She spoke in English.
彼女は英語で話した。
She is weak in math.
彼女は数学が弱い。
He put his hands in his pockets.
彼は両手をポケットに入れた。